Vua Tự Đức bước lên ngai vàng đúng vào lúc nước Việt đối đầu với âm mưu xâm lăng của thực dân Pháp… Năm 1858, liên quân Pháp – Tây Ban Nha chính thức tấn công Đà Nẵng, sau đó rút vào đánh chiếm miền Nam. Ngày 06/03/1859, giặc đốt phá thành Gia Định rồi cưỡng chiếm các chùa chiền lớn như Từ Ân – Khải Tường – Kim Chương – Kiểng Phước – Phụng Sơn... thiết lập phòng tuyến quân sự. Từ đây theo gót giày thực dân từ Nam ra Bắc, nước mất chùa tan.